БИОИНФО

Номер: DVU 01/197
Название: Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеини и лекарствено- рецепторни взаимодействия
Базова организация: ЮЗУ „Неофит Рилски“ – гр.Благоевград
Финансиран: Фонд „Научни изследвания“ – МОН
Ръководители на проекта: проф. д-р Петър Миланов

проф. д.н. Иван Мирчев

Цел на проекта

   Целта на представения проект е на основата на колаборацията на различни изследователи математици, информатици, физици, биохимици и биолози, да разработи нови подходи и алгоритми отнасящи се към проблеми на биопроцесите, протеиновата структура и лекарствено-рецепторните взаимодействия. В частен план, изследвания ще бъдат направени в областта на биотехнологиите, ензимна кинетика, епедимология и др. Целта на този проект е също създаването на класификационна система за предсказване на инвитро биологична активност, базирана на клъстер от компютри.

Етапи

Първи етап

  • Разработване на D-R-R модели
  • Разработване на оптимални fitting модели
  • Дизайн на различни невронни мрежи за QSAR
  • Разработване на алгоритми за трениране на невронни мрежи
  • Разработване на алгоритми за peptide folding
  • Създаване на клъстърна компютърна система
  • Семинари и работни срещи
  • Семинари на административния и научен съвети

Втори етап

  • Написване на изчислителни програми за data fitting
  • Написване на изчислителни програми за peptide folding
  • Написване на програми за трениране на ANN
  • Написване на програми за QSAR
  • Написване на програми за симулация на D-R-R and S-R-R
  • Верификация на моделите чрез използване на експериментални данни
  • Семинари на административния и научен съвети

Участници

Име Организация
Проф. д.н. Иван Мирчев ЮЗУ „Неофит Рилски“
Проф. д-р Петър Миланов ЮЗУ „Неофит Рилски“
Акад. д.м.н Петър Кендеров ИМИ – БАН
Акад. д.б.н Евгени Головински ИМБ – БАН
Проф. д-р Ценка Милкова ЮЗУ „Неофит Рилски“
Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова ИМБ – БАН
Доц. д-р Борислав Юруков ЮЗУ „Неофит Рилски“
Проф. д-р Невена Пенчева ЮЗУ „Неофит Рилски“
Проф. д-р Никола Янев СУ „Климент Охридски“
Проф. д-р Румен Андонов Университет в Рен
Проф. д-р Улрихх Фейгъл Университет в Кьолн
Ст.н.с.II ст., Емил Бурназки ИВП – БАН
Доц. д-р Иван Тренчев ЮЗУ „Неофит Рилски“
Гл. ас. д-р Антон Стоилов ЮЗУ „Неофит Рилски“
Гл. ас. д-р Мая Спасова ЮЗУ „Неофит Рилски“
Ас. Иван Тодорин ЮЗУ „Неофит Рилски“
Радка Кундева ЮЗУ „Неофит Рилски“

Работни групи

Дизайн, синтез и биологична активност на вещества, представляващи определен интерес

  • Проф. д-р Невена Пенчева, ръководител
  • Акад. д.б.н. Евгени Головински
  • Проф. д-р Ценка Милкова
  • Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова
  • Гл. ас. д-р Мая Спасова

Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеините

  • Проф. д-р Никола Янев, ръководител
  • Акад. д.м.н Петър Кендеров
  • Проф. д-р Румен Андонов
  • Доц. д-р Иван Тренчев

Моделиране на лекарствено-рецепторни взаимодействия

  • Проф. д-р Петър Миланов, ръководител
  • Проф. д.н. Иван Мирчев
  • Акад. д.м.н Петър Кендеров
  • Доц. д-р Борислав Юруков
  • Проф. д-р Невена Пенчева
  • Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова
  • Ас. Иван Тодорин

Разработване и внедряване на биоинформационен софтуер за нуждите на проекта

  • Ст.н.с. II д-р Емил Бурназки, ръководител
  • Доц. д-р Иван Тренчев, ръководител
  • Гл. ас. д-р Стоян Везенков
  • Ас. Иван Тодорин
  • Гл. ас. д-р Антон Стоилов
  • Благовест Касабов
  • Кирил Гащеовски
  • Илия Тиньоков
  • Методи Трайков

Основни документи

Резултати

Презентации на семинари и конференции

Статии

  • Docking studies of selective enkephalin analogues to delta-opioid receptor, DZIMBOVA T., PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
  • Synthesis and computer modeling of new chiral pna analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T., MILANOV P.
  • How Kyotorphins Act – Computer Modeling of New Kyotorphin Analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T., MILANOV P.
  • Computer modeling of ligand-receptor interactions – enkephalin analogues and delta-opioid receptor, DZIMBOVA T., PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
  • Comparative Study of Computer Modeling and Biological Testing of New Kyotorphin Analogues Peptides: Building Bridges, DZIMBOVA T.,MILANOV P.,PAJPANOVA T.
  • Integer programming approaches to HP folding, YANEV N. , MILANOV P. , TRENCHEV Iv. , MIRCHEV Iv.
  • Docking studies of selective enkephalin analogues to delta-opioid receptor, DZIMBOVA T.,  PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
  • Synthesis and computer modeling of new chiral PNA analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T.,  MILANOV P.
  • A new integer programming model for HP problem, YANEV N., MILANOV P., TRENCHEV Iv.
  • Bioinfromatics and intellectual Property, TRENCHEVA T., TRENCHEV Iv., MILANOV P., MIRCHEV Iv.
  • Bioinformatics research of 3D structure of the proteins, STOEV R., GASHTEOVSKI K., TODORIN Iv.,  TRENCHEV Iv., BORISOVA N., TRAYKOV M.
  • Neural networks – basic principles for construction, their application in drug design and genetic algorithms, GASHTEOVSKI K., TRENCHEV Iv., BORISOVA N., TODORIN Iv., ILIEV Gr.