БИОИНФО
Номер: | DVU 01/197 |
Название: | Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеини и лекарствено- рецепторни взаимодействия |
Базова организация: | ЮЗУ „Неофит Рилски“ – гр.Благоевград |
Финансиран: | Фонд „Научни изследвания“ – МОН |
Ръководители на проекта: | проф. д-р Петър Миланов
проф. д.н. Иван Мирчев |
Цел на проекта
Целта на представения проект е на основата на колаборацията на различни изследователи математици, информатици, физици, биохимици и биолози, да разработи нови подходи и алгоритми отнасящи се към проблеми на биопроцесите, протеиновата структура и лекарствено-рецепторните взаимодействия. В частен план, изследвания ще бъдат направени в областта на биотехнологиите, ензимна кинетика, епедимология и др. Целта на този проект е също създаването на класификационна система за предсказване на инвитро биологична активност, базирана на клъстер от компютри.
Етапи
Първи етап
- Разработване на D-R-R модели
- Разработване на оптимални fitting модели
- Дизайн на различни невронни мрежи за QSAR
- Разработване на алгоритми за трениране на невронни мрежи
- Разработване на алгоритми за peptide folding
- Създаване на клъстърна компютърна система
- Семинари и работни срещи
- Семинари на административния и научен съвети
Втори етап
- Написване на изчислителни програми за data fitting
- Написване на изчислителни програми за peptide folding
- Написване на програми за трениране на ANN
- Написване на програми за QSAR
- Написване на програми за симулация на D-R-R and S-R-R
- Верификация на моделите чрез използване на експериментални данни
- Семинари на административния и научен съвети
Участници
Име | Организация |
Проф. д.н. Иван Мирчев | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Проф. д-р Петър Миланов | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Акад. д.м.н Петър Кендеров | ИМИ – БАН |
Акад. д.б.н Евгени Головински | ИМБ – БАН |
Проф. д-р Ценка Милкова | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова | ИМБ – БАН |
Доц. д-р Борислав Юруков | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Проф. д-р Невена Пенчева | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Проф. д-р Никола Янев | СУ „Климент Охридски“ |
Проф. д-р Румен Андонов | Университет в Рен |
Проф. д-р Улрихх Фейгъл | Университет в Кьолн |
Ст.н.с.II ст., Емил Бурназки | ИВП – БАН |
Доц. д-р Иван Тренчев | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Гл. ас. д-р Антон Стоилов | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Гл. ас. д-р Мая Спасова | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Ас. Иван Тодорин | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Радка Кундева | ЮЗУ „Неофит Рилски“ |
Работни групи
Дизайн, синтез и биологична активност на вещества, представляващи определен интерес
- Проф. д-р Невена Пенчева, ръководител
- Акад. д.б.н. Евгени Головински
- Проф. д-р Ценка Милкова
- Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова
- Гл. ас. д-р Мая Спасова
Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеините
- Проф. д-р Никола Янев, ръководител
- Акад. д.м.н Петър Кендеров
- Проф. д-р Румен Андонов
- Доц. д-р Иван Тренчев
Моделиране на лекарствено-рецепторни взаимодействия
- Проф. д-р Петър Миланов, ръководител
- Проф. д.н. Иван Мирчев
- Акад. д.м.н Петър Кендеров
- Доц. д-р Борислав Юруков
- Проф. д-р Невена Пенчева
- Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова
- Ас. Иван Тодорин
Разработване и внедряване на биоинформационен софтуер за нуждите на проекта
- Ст.н.с. II д-р Емил Бурназки, ръководител
- Доц. д-р Иван Тренчев, ръководител
- Гл. ас. д-р Стоян Везенков
- Ас. Иван Тодорин
- Гл. ас. д-р Антон Стоилов
- Благовест Касабов
- Кирил Гащеовски
- Илия Тиньоков
- Методи Трайков
Основни документи
- ОТЧЕТ на първия етап на Проект „Биоинформатични изследвания върху свойствата и биологичната активност на протеини и лекарствено-рецепторни взаимодействия” финансиран по договор ДВУ 01/0197 с НФНИ на РБългария
- ПРОТОКОЛ от първата работна среща на участниците и консултантите по проект DBU 01/197 -„Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеини и лекарствено- рецепторни взаимодействия,” проведена на 20 и 21.02.2009 г. в Университетски център „Бачиново“ на ЮЗУ
- ПРОТОКОЛ от работната среща на втора работна група по проект ДВУ 01/197 „Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеините”, проведена в ИМИ – БАН на 20.03.2009 г
- ПРОТОКОЛ от работната среща на втора, трета и четвърта работна група по проект ДВУ 01/197 „Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеините”, проведена в ИМИ – БАН на 10.04.2009 г.
Резултати
Презентации на семинари и конференции
- Biological background for bioinformatic studies on the trypanothione synthase, prof. Nevena Pencheva
- Comparing search algorithms of maximum clique, Blagovest Kasabov
- Checking the validity of protein folding in lattice, Noel Mallod-Dognin and Ivan Todorin
- Mathematical models in quantitative pharmacology: further development of stephenson theory and QSAR, prof. Peter Milanov
- Optimization problems of ligand – receptor interactions, prof. Peter Milanov
- Protein-ligand complex: prediction of possible binding sites, Noel Mallod-Dognin
- Description of molecules, assoc. prof. Ivan Trenchev, prof. Peter Milanov, prof. Nikola Ianev, acad. Stefan Dodunekov, prof. Ivan Mirchev
Статии
- Docking studies of selective enkephalin analogues to delta-opioid receptor, DZIMBOVA T., PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
- Synthesis and computer modeling of new chiral pna analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T., MILANOV P.
- How Kyotorphins Act – Computer Modeling of New Kyotorphin Analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T., MILANOV P.
- Computer modeling of ligand-receptor interactions – enkephalin analogues and delta-opioid receptor, DZIMBOVA T., PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
- Comparative Study of Computer Modeling and Biological Testing of New Kyotorphin Analogues Peptides: Building Bridges, DZIMBOVA T.,MILANOV P.,PAJPANOVA T.
- Integer programming approaches to HP folding, YANEV N. , MILANOV P. , TRENCHEV Iv. , MIRCHEV Iv.
- Docking studies of selective enkephalin analogues to delta-opioid receptor, DZIMBOVA T., PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
- Synthesis and computer modeling of new chiral PNA analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T., MILANOV P.
- A new integer programming model for HP problem, YANEV N., MILANOV P., TRENCHEV Iv.
- Bioinfromatics and intellectual Property, TRENCHEVA T., TRENCHEV Iv., MILANOV P., MIRCHEV Iv.
- Bioinformatics research of 3D structure of the proteins, STOEV R., GASHTEOVSKI K., TODORIN Iv., TRENCHEV Iv., BORISOVA N., TRAYKOV M.
- Neural networks – basic principles for construction, their application in drug design and genetic algorithms, GASHTEOVSKI K., TRENCHEV Iv., BORISOVA N., TODORIN Iv., ILIEV Gr.