ЦЕНТЪР ЗА СЪВРЕМЕННИ БИОИНФОРМАТИЧНИ ИЗСЛЕДВАНИЯ

Цел на проекта

   Целта на представения проект е на основата на колаборацията на различни изследователи математици, информатици, физици, биохимици и биолози, да разработи нови подходи и алгоритми отнасящи се към проблеми на биопроцесите, протеиновата структура и лекарствено-рецепторните взаимодействия. В частен план, изследвания ще бъдат направени в областта на биотехнологиите, ензимна кинетика, епедимология и др. Целта на този проект е също създаването на класификационна система за предсказване на инвитро биологична активност, базирана на клъстер от компютри.

Етапи

Първи етап

• Разработване на D-R-R модели
• Разработване на оптимални fitting модели
• Дизайн на различни невронни мрежи за QSAR
• Разработване на алгоритми за трениране на невронни мрежи
• Разработване на алгоритми за peptide folding
• Създаване на клъстърна компютърна система
• Семинари и работни срещи
• Семинари на административния и научен съвети

Втори етап

• Написване на изчислителни програми за data fitting
• Написване на изчислителни програми за peptide folding
• Написване на програми за трениране на ANN
• Написване на програми за QSAR
• Написване на програми за симулация на D-R-R and S-R-R
• Верификация на моделите чрез използване на експериментални данни
• Семинари на административния и научен съвети

Участници

Работни групи

Дизайн, синтез и биологична активност на вещества, представляващи определен интерес

• Проф. д-р Невена Пенчева, ръководител
• Акад. д.б.н. Евгени Головински
• Проф. д-р Ценка Милкова
• Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова
• Гл. ас. д-р Мая Спасова

Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеините

• Проф. д-р Никола Янев, ръководител
• Акад. д.м.н Петър Кендеров
• Проф. д-р Румен Андонов
• Доц. д-р Иван Тренчев

Моделиране на лекарствено-рецепторни взаимодействия

• Проф. д-р Петър Миланов, ръководител
• Проф. д.н. Иван Мирчев
• Акад. д.м.н Петър Кендеров
• Доц. д-р Борислав Юруков
• Проф. д-р Невена Пенчева
• Ст. н.с. II д-р Тамара Пайпанова
• Ас. Иван Тодорин

Разработване и внедряване на биоинформационен софтуер за нуждите на проекта

• Ст.н.с. II д-р Емил Бурназки, ръководител
• Доц. д-р Иван Тренчев, ръководител
• Гл. ас. д-р Стоян Везенков
• Ас. Иван Тодорин
• Гл. ас. д-р Антон Стоилов
• Благовест Касабов
• Кирил Гащеовски
• Илия Тиньоков
• Методи Трайков

Основни документи

•  ОТЧЕТ на първия етап на Проект „Биоинформатични изследвания върху свойствата и биологичната активност на протеини и лекарствено-рецепторни взаимодействия” финансиран по договор ДВУ 01/0197 с НФНИ на РБългария
• ПРОТОКОЛ от първата работна среща на участниците и консултантите по проект DBU 01/197 -„Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеини и лекарствено- рецепторни взаимодействия,” проведена на 20 и 21.02.2009 г. в Университетски център „Бачиново“ на ЮЗУ
• ПРОТОКОЛ от работната среща на втора работна група по проект ДВУ 01/197 „Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеините”, проведена в ИМИ – БАН на 20.03.2009 г
• ПРОТОКОЛ от работната среща на втора, трета и четвърта работна група по проект ДВУ 01/197 „Биоинформатични изследвания върху структурата и активността на протеините”, проведена в ИМИ – БАН на 10.04.2009 г.

Резултати

Презентации на семинари и конференции

• Biological background for bioinformatic studies on the trypanothione synthase, prof. Nevena Pencheva
• Comparing search algorithms of maximum clique, Blagovest Kasabov
• Checking the validity of protein folding in lattice, Noel Mallod-Dognin and Ivan Todorin
• Mathematical models in quantitative pharmacology: further development of stephenson theory and QSAR, prof. Peter Milanov
• Optimization problems of ligand – receptor interactions, prof. Peter Milanov
• Protein-ligand complex: prediction of possible binding sites, Noel Mallod-Dognin
• Description of molecules, assoc. prof. Ivan Trenchev, prof. Peter Milanov, prof. Nikola Ianev, acad. Stefan Dodunekov, prof. Ivan Mirchev

Статии

• Docking studies of selective enkephalin analogues to delta-opioid receptor, DZIMBOVA T., PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
• Synthesis and computer modeling of new chiral pna analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T., MILANOV P.
• How Kyotorphins Act – Computer Modeling of New Kyotorphin Analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T., MILANOV P.
• Computer modeling of ligand-receptor interactions – enkephalin analogues and delta-opioid receptor, DZIMBOVA T., PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
• Comparative Study of Computer Modeling and Biological Testing of New Kyotorphin Analogues Peptides: Building Bridges, DZIMBOVA T.,MILANOV P.,PAJPANOVA T.
• Integer programming approaches to HP folding, YANEV N. , MILANOV P. , TRENCHEV Iv. , MIRCHEV Iv.
• Docking studies of selective enkephalin analogues to delta-opioid receptor, DZIMBOVA T.,  PENCHEVA N., PAJPANOVA T., MILANOV P.
• Synthesis and computer modeling of new chiral PNA analogues, DZIMBOVA T., PAJPANOVA T.,  MILANOV P.
• A new integer programming model for HP problem, YANEV N., MILANOV P., TRENCHEV Iv.
• Bioinfromatics and intellectual Property, TRENCHEVA T., TRENCHEV Iv., MILANOV P., MIRCHEV Iv.
• Bioinformatics research of 3D structure of the proteins, STOEV R., GASHTEOVSKI K., TODORIN Iv.,  TRENCHEV Iv., BORISOVA N., TRAYKOV M.
• Neural networks – basic principles for construction, their application in drug design and genetic algorithms, GASHTEOVSKI K., TRENCHEV Iv., BORISOVA N., TODORIN Iv., ILIEV Gr.