Биоинформатични изследвания:
нагъване на протеини, докинг и предсказване на биологична активност

Центърът за Съвременни Биоинформатични Изследвания
Югозападен университет "Неофит Рилски", Благоевград

Очаквани резултати

  • Очаквани резултати при нагъване на протеини - Основните резултати при решаването на задачата за нагъване на протеини са моделирането и оптимизирането на триизмерната структура на изследваните рецептори – опиоидни, невротензинови и канабиноидни, които са мембранни протеини и техните кристални структури са неизвестни. Паралелно с рецепторите, ще се получат 3D модели на техните лиганди, които са различни класове нискомолекулните съединения. Като резултат ще разполагаме с набор от модели на химични съединения и биологични молекули (рецептори).
  • Очаквани резултати от молекулен докинг - Основните резултати при осъществяването на молекилен докинг на лигандите и рецепторите (опиоидни, невротензинови и канабиноидни) са свързани с приложението на различни известни оценъчни функции и в резултат на това ще бъде подрбана най-подходящата функция за конкретния случай. Разработването на различни алгоритми за докинг и оптимизирането на оценъчните функции ще доведат до резултати от докинга, на базата на които могат да се правят изводи за връзката между структура на лиганда и неговата биологична активност, на основата на това колко добър е докингът с даден рецептор.
  • Очаквани резултати от in silico (компютъризирани) експерименти - Основните очаквани резултати при резлизирането на тези експерименти са свързани с развитието на съществуващи (разработени) модели за биологична активност:
    • Подреждане на лекарствените средства по фармакологичен ефект с цел проследяване на логиката в развитието на дадена група лекарствени средства;
    • Чрез прилагане на QSAR подхода и подходите на молекулното моделиране да се охарактеризира връзката между структурата на химичните съединения и проявяваната от тях биологична активност;
    • Разработване на математически модел, описващ връзката между докинг резултатите и параметрите с конкретно биологично значение от in vitro изследванията, с цел да се определи биологичната активност на съединенията.
  • Очаквани резултати от приложението на облачните структури и сървърната виртуализация - Един от очакваните резултати за тази задача е разработване на специализирана методология и анализ на приложимостта на различни алгоритми и подходи за решаване на конкретна научна задача. За по-добра ефективност е необходимо да се изследва сложността на алгоритъма при различна големина на входния вектор, което също е очакван резултат.